Même si il est métabolisé de la mercaptopurine, seulement de petites quantités de cette drogue ont été trouvés dans le lait maternel (4 - 18 microgrammes/litre). Plusieurs parmi les enfants allaités de mères qui ont été traités par l'Azathioprine n'a pas pu être détecté dans le sang, ni d'effets secondaires ont été trouvés. À Long terme, les maladies infectieuses n'ont pas été plus fréquents chez les nourrissons exposés. Exposition pourrait être réduite si l'allaitement est repris à 3 heures après la dernière dose.